工藤优作在临死前把自己多年来潜伏在黑暗组织所调查到的秘密交给了儿子工藤新一，这些秘密刚好记载了令工藤新一变小的APTX4869药物的制作方法，灰原根据这个制作出了可以变回原样的解药，终于工藤新一摆脱了变小的厄运，但是当他从柯南变回工藤新一后，工藤新一做了一个让人无法想象的决定，那就是加入黑暗组织，为了取得黑暗组织幕后主脑的信任，他多次与偶像福尔摩斯展开了最高智商的罪犯与侦探的较量，最终取得黑暗组织的信任之后顺利的揭开了幕后主脑的真面目，但是工藤新一万万没有想到黑暗组织的幕后主脑竟然是一个让他怎么想也想不到的人，更是一个让他无法对付的人，那么他到底会以怎样的方式去解决呢？黑暗组织最后又会怎么样呢？