圣战结束至今，已经十一年之久了。当年的圣战，打了十年之久，最后由圣战七英把战争结束了。

二十一年前，国家比较腐败，军队的力量一天不如一天。这个时候，某个邪恶的组织，趁机造反，想夺取国家政权，他们选择了在圣光联盟开幕那天发动，并自称——圣战。

圣战开始后，军队显得不堪一击。在这个世界，虽然人类的科学一天比一天进步，但是目前主要的战斗力，还是精灵的力量。然而，军队却只为自己的利益，居然去在宣传，要用强大的高科技武器来取代精灵，并以此为借口，大规模地贪污，弄得民不聊生。

因为军队的腐败，人民已经对军队失去了信心。就在这个时候，一群战斗实力强大的精灵训练员，聚集在一起，组成了一个联盟，就是现在的神奇宝贝联盟。他们与邪恶组织战斗着，得到了人民的拥戴。可是，军队却认为他们是想造反的另外一个组织，为此对他们进行屠杀……

不过，神奇宝贝联盟也不好惹。联盟可谓是高手众多，其中有七个孩子，实力最为厉害，他们仅仅七个人，就把军方的两个师给炸掉了。这七个孩子，是非常好的朋友，在他们当中，年纪最大的是16岁，名字叫浩沦，而年纪最小的，就是阿正的父母日淳和晓春，当时他们年仅12岁。

后来，军方的新领位人作出了深远的改革，使军队日益强盛，同时，军队也意识到神奇宝贝联盟的实力和作用性，于是开始拉拢神奇宝贝联盟，跟神奇宝贝联盟合作起来，对付邪恶组织。

两军的合作，十年的战争，使邪恶组织陷入了崩溃状态，十年间，七英的七位少年，也长大成人了，开始有了自己的家庭，有快乐的生活，但是战争依然持续。

眼看战争就快结束了，邪恶组织去作出来一个惊人的举动，它们把烟囱火山炸开，拿出了红宝珠，把神兽古拉多唤醒了。

得到神兽的力量，邪恶组织又死灰复燃了，古拉多的力量非常可怕，圣战七英同时出动，都无法阻止它的前进。远古的神兽古拉多，是大地之神，它的出现，使大地震动，山崩地裂。

然而，愚蠢的军方，为了对抗古拉多，竟然召唤了另外一只神兽。或许军方没有想过，恶斗恶是什么后果。果然，军方也潜下神秘洞窟，找出蓝宝珠，唤醒了盖欧卡后，当盖欧卡苏醒的那一刻起，两大神兽失控了，它们不再受人类的指挥，而是去到了芳缘的琉璃市，开始了千年未果的大战，这个时候，大家才想起那个远古的传说。

仿佛一切都已经成定局了，两大神兽的战斗，摧毁了所有的一切，包括城市，田野，森林和无数人民百姓的生命以及这个国家几千年的文明。古拉多带来的阳光，就像老天在取笑人类的愚蠢，盖欧卡的雨水，就如老天在为我们流泪。

这个时候，一个老人来到了神奇宝贝联盟的总部，这个老人，就是兰博。兰博提出了一个非常另人惊讶的设想——依照传说，唤醒克制两大神兽的四个神兽，并且，为大家提供了唤醒它们的方法。

大家都觉得，这个老人有点老糊涂了，现在两个神兽在闹，都无法克服了，还要召唤第三个……但是，这已经是没有办法中的办法了，大家都决定，按照老人说的做，那是孤注一掷。

传说，远古的人类，为了克制古拉多和盖欧卡的力量，特意培育出三只精灵，它们具有强大的封印力量，它们就是三神柱，它们的任务就是封印强大的力量，当力量被封印后，它们也就同时失去了活动的能力，恢复沉睡状态，因此，是这场灾难的救星。

同时，裂空座的龙鸣，也是镇压两大神兽的武器，因为无论大地还是海洋，都处在同一片天空下，裂空座是它们两个老大，只要能够呼唤出裂空座，战争同样能够结束。

于是，神奇宝贝联盟派遣七英完成这件事。七英分成了两队，开始为拯救世界努力。其中，队长浩沦，还有晓春和日淳，负责天柱上的裂空座，其余四人，就寻找三神柱。

事情进行得很顺利，浩沦他们，终于得到了绿宝珠，并把绿宝珠放在联盟为他们安排的实验室里。可是，这天夜里，因为实验失败，绿宝珠的能量突然爆发，整个实验室都被炸毁了。

浩沦用身体挡住了爆炸，保护了日淳和晓春没受伤害，他自己就牺牲了，而绿宝珠能量外泄，直接灌输进了晓春跟日淳的体内。第二天，绿宝珠不见了，放置绿宝珠的地方，放着一个精灵，里面睡着浩沦最强大的精灵沙漠蜻蜓。

在沙漠蜻蜓的梦里，日淳看到了浩沦的遗言：“把它交给我的儿子，他会将它训练强大的。我只是被强大的能量指引而去了异世界，我会回来的……”（顺便说一下，日淳同时具有零波导和愈波导，这两种能力，分别遗传了给阿正和阿撤。）

虽然绿宝珠不见了，但是因为日淳和晓春体内已经吸收了绿宝珠的能量，所以，可以顺利地召唤裂空座，同时，其余四人，也成功唤醒三神柱，不仅两大神兽被封印起来，还把邪恶组织手上的红宝珠抢夺过来了。圣战七英获得了胜利，然而七英从此不再完美了，永远只有六个人了，但是，大家相信，终有一天，队长会回来的，他从不说谎……

两大神兽被封印后，圣战也进入了最后的阶段。邪恶组织将要被一举歼灭，但是，这个国家，就只剩下了一片废墟。虽然如此，大家还是很积极地把自己的家园恢复原貌。

国家逐渐恢复了原貌，军队因为深远的改革而变得日益强盛，同时，神奇宝贝联盟也成为了这个国家的另外一个政党。是时候为七英加冕了，却传了一个惊人的消息——圣战七英在战争中偷走了关键的武器绿宝珠，现在为了作出惩罚，要把七英的精灵球全部没收……

这样的结果，让七英简直无法相信，也无法接受，这场战斗，七英们付出了，也牺牲了，却反倒被诬蔑，背受一个如此大的罪名，还要夺走他们的精灵，这绝对不可能……

但是，已经无力反抗了，在封印两大神兽的时候，他们和他们的精灵，都已经用尽了所有的力量，不论是体力还是精神，都无法马上复原。因为没有战斗力，神奇宝贝联盟马上就把他们逮捕了，幸好兰博出面，才保住他们。但是他们的精灵，被按照生活特性，释放到世界不同的角落……

这个时候，七英已经不再是训练员了，永远也不是了，圣战七英被瓦解了……

后来，知道了实情，军方为了得到民意，把召唤神兽惹来的祸，推给了神奇宝贝联盟，神奇宝贝联盟就把这件实情的关键人物圣战七英拉出来当代罪羔羊……

虽然感到很不公平，但是，已经没有办法反抗了，为了自身的安全，兰博吩咐他们，马上离开这里，从此隐姓埋名，虽然心有不甘，但是，远离战争，过幸福的生活，也未尝不好。兰博还努力，为他们寻找回一个最亲热最强大的伙伴，来保护他们，即使没有精灵，只要心与心连在一起，精灵还是服从的。

大家按照兰博的吩咐，各散东西了。日淳跟晓春结为夫妇，在一个贫困的小镇天元镇隐居，还生下了一个可爱的孩子，他就是阿正。

阿正一岁那年，圣战宣布结束，圣战结束后的第二年，阿撤也来到了人间……