而另一边的伏羲见神农已经可以很好的处理人族的事物，就开始举行禅让大典。四面八方的人族纷纷放下手中事务，齐齐涌向陈都，来见伏羲最后一面。伏羲要将共主之位禅让于神农，确是人族大事，必先告暨苍天，还需请那诸天圣人前来观摩。待到正午时分，礼仪官宣布吉时已到。不一会儿，只见天上降下瑞气千条，紫气东来三万里，太清圣人老子骑着青牛由玄都大法师牵着绳驾云而来，随即又有圣母女娲娘娘乘金凤降临。众人忙跪拜迎接圣人，伏羲带头说道“人族伏羲率人族众人拜见太清圣人、女娲娘娘。”老君欣慰的点了下头，而女娲娘娘见伏羲已经记起前世之事，依旧自称人族。则是有些伤感的说道“人皇客气了，恭喜天皇大道将成。”伏羲闻言，亦是也有些伤感，却又不知道说些什么。

玄都走出来，开始向天地阐述伏羲之功德之后，便在太清圣人和女娲娘娘的主持下。见证了伏羲与神农，皇位交接的仪式。伏羲也将人族圣器圣皇象征的崆峒印交给了神农，伏羲看了眼站在人群中的后羿嫦娥，就坐着金龙向着火云洞飞去。

就这样，人族迎来了神农当政的日子。人族无不认可神农的才干，更何况还解决了人族吃饭的重要问题。神农氏在人族中设立了集市，让大家把吃不完，用不了的食物和东西，每天中午舀到集市上去交换，从而出现了部落之中原始的商品交易。同时，他还发明了陶器，解决了人类的生活用具——器皿和陶盆、陶罐等。就这样有神农的威望也越来越强大，四周的一些部落，也对神农十分信服。

神农管理部落，治理天下很有方法。他不望其报，不贪天下之财，而天下共富之。智贵于人，天下共尊之。他以德以义，不赏而民勤，不罚而邪正，不忿争而财足，无制令而民从，威厉而不杀，法省而不烦，人民无不敬戴。

那时人们虽然已经知道了春夏秋冬，更有了伏羲历法，但是却对农事作用不大，不知该在什么时候种植谷种，什么时候是收获的季节，神农于是乃历数年观察四时变化，冷暖交替，在伏羲时代的历法上加以改进，立历日，立星辰，分昼夜，定日月，月为三十日，十一月为冬至。从此人们懂得了什么时候该是种植谷种，什么时候该是收获，如此五谷生产大大增加了许多。

孔宣孔羽突然各自感应到自己的储物空间中的乾坤尺与落宝金钱一阵颤动，两人相视一笑。显然是洞察了天机，算到机缘将至，也接连出岛，来到陈都。诸天圣人，以为简云是要对最后的一尊人皇师位出手了。元始也是十分后悔，自己打草惊蛇之举。孔宣兄弟为人族护法，神农自然对其十分恭敬。孔宣取出自己的落宝金钱，孔羽取出自己的乾坤尺。道“我等知人皇在为货物交换之事烦恼，特来解忧。”

神农一听喜不自胜，他为了货物交换一事。烦恼了很久，无论如何交换，总会有人觉得不公。孔宣道“吾手中之物，乃是先天灵宝落宝金钱。人皇可派人仿制铸造，用以货币流通，这样就可以避免换到自己不想要的东西。”神农听后大喜。孔羽也跟着说道“我手中之宝，为乾坤尺。可以衡量物品的价值，能定天下量度。”三人进过一番探讨与修改，人族中的一切也变得井然有序起来。同时孔宣孔羽兄弟也再得一分人族的功德于气运。

待解决了人族之事后，神农又向两位护法求教道“我人族多受病痛折磨，还请护法赐下良方妙法，救助我人族。”孔宣孔羽听了哈哈大笑，神农不解。问道“护法何故发笑？”孔宣笑道“我兄弟二人不通药理，却是无法助你。你可去找你师尊帮忙。”神农一听恍然大悟，羞得面皮通红。

神农来到嫦娥与后羿的住处，自从师尊见到后羿后。整天和后羿腻在一起，他这个徒弟在嫦娥心中的地位，呈直线下降状态。他都不知道有多久，没看到过自己的师尊了。嫦娥的前世为妖族玉兔，经常在月宫捣药。自然是十分精通药理，她传授神农一些药理以及丹药之术后，就打发神农自己去尝试。嫦娥怕神农有危险又将自己插在玉净瓶中的绿柳枝取出，交给神农。道“这绿柳枝乃是先天灵根绿柳，炼制而成。可助你识别药性，起死回生。虽可辨别草药是否有毒，是温性还是凉性，但是药效毒性还要你自己辨别。”

那时候，五谷和杂草长在一起，药物和百花开在一起，哪些粮食可以吃，哪些草药可以治病，谁也分不清。谁要生疮害病，无医无药，不死也要脱层皮啊！神农经常得听到有些老弱族人，偶尔遇上头痛、发烧之事仍然无法治愈，有些族人就这样死掉了，甚至一些壮年男女发生这样的状况也就无法干活了，只能躺在床上等着好转，而且这些现象现在越来越多，再就是误食毒物或被毒虫、毒蛇所伤的族人越来越多，人族却是束手无策，只能眼睁睁的看着族人死去。

原来当时人族不识医药，是以每有生病便不知如何治疗，故而常有死亡。这个问题也困扰神农许久，只是以前有太多地族中事物需要操持和处理，并没有花太多地精力在这方面，这一问题也没有得到有效地解决。而如今人族得大多重要事情已然解决，自己也应该想个办法来解决这一问题。

族人们的疾苦，神农氏瞧在眼里，疼在心头。怎样为族人治病？经过嫦娥的传授，神农也是知道有些植物是可以治病的，可是还有更多的植物却是有毒，而且有毒和无毒是看不出来的。于是神农便一样一样的尝试，他尝遍百草，从自己的水晶肚里观察药性。使人们知道什么能吃，什么不能吃，哪些吃了有害，而哪些吃了有益，哪些又可以医治什么病痛，等等。神农决定将这些记录下来，以供人们参考。这就是《神农本草经》的由来。

他带着一批臣民，从家乡随州历山出发，向西北大山走去。他们走哇，走哇，腿走肿了，脚起茧了，还是不停地走，整整走了七七四十九天，来到一个地方。只见高山一峰接一峰，峡谷一条连一条，山上长满奇花异草，大老远就闻到了香气。神农他们正往前走，突然从峡谷窜出来一群狼虫虎豹，把他们团团围住。神农马上让臣民们挥舞鞭，向野兽们打去。打走一批，又拥上来一批，一直打了七天七夜，才把这群野兽都赶跑了。那些虎豹蟒蛇身上被神鞭抽出一条条一块块伤痕，后来变成了皮上的斑纹。

又来到一座茫茫大山脚下，这山半截插在云彩里，四面是刀切崖，崖上挂着瀑布，长着青苔，溜光水滑，看来没有登天的梯子是上不走的。他站在一个小石山上，对着高山，上望望，下看看，左瞅瞅，右瞄瞄，打主意，想办法。后来，人们就把他站的这座小山峰叫“望农亭”。然后，他看见几只金丝猴，顺着高悬的古藤和横倒在崖腰的朽木，爬过来。烈山氏灵机一动，有了！他当下把臣民们喊来，叫他们砍木杆，割藤条，靠着山崖搭成架子，一天搭上一层，从春天搭到夏天，从秋天搭到冬天，不管刮风下雨，还是飞雪结冰，从来不停工。整整搭了一年，搭了三百六十层，才搭到山顶。传说，后来人们盖楼房用的脚手架，就是学习神农氏的办法。

神农带着臣民，攀登木架，上了山顶了。山上真是花草的世界，遍地花草。红的、绿的、白的、黄的，各色各样，密密丛丛。神农喜欢极了，他叫臣民们防着狼虫虎豹，他亲自采摘花草，放到嘴里尝。为了在这里尝百草，找医药，烈山氏就叫臣民在山上栽了几排冷杉，当做城墙防野兽，在墙内盖茅屋居住。后来，人们就把神农住的地方叫“木城”。

有一次，他把一棵草放到嘴里一尝，霎时天旋地转，一头栽倒在地上。臣民们慌忙扶他坐起，他明白自己中了毒，可是他此时已经不会说话了，只好用最后一点力气，指着面前一棵红亮亮的灵芝草，又指指自己的嘴巴。臣民们慌忙把那红灵芝放到嘴里嚼了嚼，又喂到他嘴里。神农吃下灵芝草后，毒气解了，头也不昏了，会说话了。从此，人族就流传着灵芝草能起死回生的传说。

白天，他领着自己的臣民到山上尝遍百草，晚上，他叫臣民生起篝火，他就着火光把它详细记载下来：哪些草是苦的，哪些热，哪些凉，哪些能充饥，哪些能医病，都写得清清楚楚。